- Navrátil J. & Navrátilová J. (2007): Wetlands succession in Ruda Nature Reserve, Czech Republic. – In: Okruszko S. T., Maltby E., Szatyłowicz J., Świątek D. & Kotowski W. (eds), Wetlands: Monitoring, Modelling, Management. Taylor & Francis Group, London, p. 27-36. (pdf)
- Kučera T. & Navrátilová J. (2006) (eds): Biotopy a jejich vegetační interpretace v ČR. ČBS, Praha, 128 p.
- Navrátilová J., Kučerová A. & Navrátil J. (2006): Problematika mapování rašelinných borů v České Republice. – In: Kučera T. & Navrátilová J. (eds), Biotopy a jejich vegetační interpretace v ČR. ČBS, Praha, p.
- Navrátilová J., Navrátil J. & Hájek M. (2006): Relationships between environmental factors and vegetation in nutrient-enriched fens at fishpond margins. – Folia Geobot. 41: 353–376. (pdf)
- Dítě D., Navrátilová J., Hájek M., Valachovič M. & Pukajová D. (2006): Habitat variability and classification of the bladderwort (Utricularia) communities: comparison of peat depressions in Slovakia and Třeboň basin. – Preslia. 78: 331–343. (pdf)
- Navrátilová J. & Hájek M. (2005): Recording relative water table depth using PVC tape discoloration: Advantages and constraints in fens. – Appl. Veg. Sci. 8: 21–26. (pdf)
- Navrátilová J. & Navrátil J. (2005): Vegetation gradients in fishpond mires in relation to seasonal fluctuations in environmental factors. – Preslia 77: 405–418. (pdf)
- Navrátilová J. & Navrátil J. (2005): Hlavní typy nelesní rašeliništní vegetace Třeboňské pánve. – Sbor. Jihočes. Muz. v Čes. Budějovicích Přír. Vědy 45: 45–56. (pdf)
- Navrátilová J. & Navrátil J. (2005): Stanovištní nároky ohrožených a vzácných rostlin rašelinišť Třeboňska. – Zprávy Čes. Bot. Společ. 40: 279–299. (pdf)
- Navrátilová J., Hájek M., Hájková P., Chytrý M., Tichý L. & Knollová I. (2005): Formalized classification of ombrotropic bog vegetation of the Czech Republic. – In: XVII Internat. Bot. Congr., Vienna 17–23 July 2005, Vienna (Austria), Abstract book, p. 564. (Poster)
- Navrátilová J., Hájek M. & Navrátil J. (2005): PVC tape discoloration method of recording relative water table depth: advantages and con-straints in fens. – In: W3M conference for Wetlands: monitoring, modelling, management. Wierzba, PL. 22–25. 9. 2005, Abstract book, p. 44. (Přednáška)
- Navrátil J. & Navrátilová J. (2005): The comparison of two methods of monitoring wetland vegetation dynamics. Case study: Central Euro-pean fen. – In: W3M conference for Wetlands: monitoring, modelling, management. Wierzba, PL. 22–25. 9. 2005, Abstract book, p. 38. (Přednáška)
- Navrátil J. & Navrátilová J. (2005): Prostorové změny v rozmístění vegetace v NPR Ruda (CHKO Třeboňsko) za posledních 20 let. - In: Svatoňová H. [ed.], Geographical aspects of central European space, Sborník prací Pedagogické fakulty Masarykovy univerzity, Vol 183, Sci. Ser. No. 25: 58-74.
- Navrátilová J. (2004): The diversity of mire vegetation and seasonal variation in water chemistry at fishpond edges in the Třeboň Basin (Czech Republic). In: 7th Intecol International wetlands conference. Utrecht, NL. 26-30.7. 2004, Abstract book, p. 218. (Poster)
- Navrátilová J. & Navrátil J., (2004): Rašeliništní vegetace v severní části třeboňsko-jindřichohradeckého pomezí. Sbor. Jihočes. Muz. v Čes. Budějovicích Přír. Vědy. 44: 45-58.
- Navrátilová J. (2004): Klasifikace a rozšíření rašelinných borů v ČR. - In: Česko-slovenská studentská vědecká konference, Brno 1. 5. 2004. Sborník abstraktů, Př. f. MU v Brně, p. 55.
- Navrátilová J. (2004): Ekologie vegetace rašelinných okrajů rybníků Třeboňské pánve. - In: Konference České botanické společnosti "Doktorandské inspirace v botanice". 20.-21. listopadu 2004, Praha, p. 39.
- Navrátil J. & Navrátilová J. (2004): Krajina Příbrazského rašeliniště v destinačním managementu cestovního ruchu. In: Venkovská krajina, Slavičín. 14.-16. 5. 2004. Sborník příspěvků z konference, Veronica, Brno, pp. 115-119.
- Navrátilová J. (2003): Cévnaté rostliny okolí Stráže nad Nežárkou. Sbor. Jihočes. Muz. v Čes. Budějovicích Přír. Vědy. 43: 41-60.