Jana Navrátilová pracuje jako vědecký pracovník na Botanickém ústavu AV ČR, Úseku ekologie rostlin, kde vede Sbírku vodních a mokřadních rostlin.
Její vědecký výzkum je zaměřen na studium ekologie rašelinišť, zejména na vztahy vegetace k
měnícím se faktorům prostředí.